Un jeune égyptien est accepté à la prestigieuse université Al-Azhar, au Caire, l'un des plus hauts lieux des sciences islamiques dans le monde. Quand le grand imam décède, vient le temps de sa succession et les tensions qui vont avec : jusqu'au crime.
La conspiration du Caire prend la forme d'une enquête dans les milieux islamiques, où une guerre de pouvoir et d'intérêts entre instances religieuses et Etat fait rage. Il interroge le rapport entre religion et Etat, la place d'une laïcité fragile quand l'appareil étatique cherche à contrôler, infiltrer les sphères religieuses. Le film soulève également la difficile place de l'islam dans la société égyptienne, le problème des actes anti-musulmans à travers le monde, ceux qui nourrissent le terrorisme
Lancinant, n'apportant pas grand chose de plus à ce que l'on sait sur l'ordre mondial, La conspiration du Caire nous immerge dans la société égyptienne mais reste timoré quant à imposer une trame solide et finit par broder.